醫保的管理和服務方面也將繼續改革：

深化醫保支付制度改革，推動建立醫保經辦機構與醫療機構、藥品供應商的談判機制和購買服務的付費機制，建立健全考核評估和質量監督體系，防止簡單分解額度指標的做法，防止分解醫療服務、推諉病人、降低服務質量；

統一規劃，推進基本醫療保險標準化和信息系統建設。選擇在部分省份試點，探索建立跨省異地就醫即時結算機制；

繼續鼓勵以政府購買服務的方式，委托具有資質的商業保險機構經辦醫療保障管理服務。目前全國已有多個地區開展商業保險機構經辦基本醫保的試點；

整合職工醫保、城鎮居民醫保和新農合的管理職責，做好整合期間工作銜接，確保制度平穩運行。“三保”管理職責整合，究竟放哪個部門，此前已多番討論。而前段時間公布的衛生計生委三定方案也沒有給出答案，該部委三定方案提出，負責協調推進醫藥衛生體制改革和醫療保障。目前，新農合管理職責仍在衛生計生委。

國務院醫改專家咨詢委員會委員、中國科學院院士、北京協和醫學院校長曾益新認為，這幾年醫保的投入逐年增加，地方政府財政中投放到醫療(包括保險和醫院建設等方面)的資金所占財政支出的比重大大提高，有的地方政府甚至嘗試利用政府財政來推行全民免費醫療。這是巨大的進步。