廢水直排松花江
在哈爾濱城區有一條30多公里長的小河，叫何家溝。河水流經哈藥總廠后，顏色從青白色變成了土黃色，并散發出非常刺鼻的臭味。
污水排放口位于哈藥總廠廠區深處，排放口旁邊立著“治理環境，功在當代，利在千秋”的牌子。
從排污口處取的水樣經環保部門檢測表明：哈藥總廠排污口水體色度為892，是國家規定極限值60的近15倍；氨氮為85.075，是國家規定極限值35的兩倍多；COD為1180，是國家規定極限值120的近10倍。直觀看，水樣在正常環境下放3天后，由土黃色變成了墨黑色。
哈爾濱市環境監察支隊支隊長彭旭證實，今年3月8日開始，哈藥總廠排放的污水的確污染物超標，污水通過何家溝直接排到松花江。目前哈爾濱市政府正在實施何家溝管網截留工程，工程部分已經完工，哈藥一部分污水已經截留到群力污水處理廠，進行處理。據調查，廢水直排的直接原因是藥廠污水處理設備出現故障。經過環保部門同意后，藥廠已開始對污水處理設備進行檢修，預計本月中旬，設備將重新投入使用。彭旭說，將確保在檢修期間，哈藥總廠不再將污水直接排入松花江。
廢渣隨意焚燒
哈藥總廠的制劑廠距離藥廠排污口幾百米遠，在何家溝岸邊，主要以生產頭孢類藥物及保健品為主。
在制劑廠廠區外，有一個所謂的焚燒爐，用磚搭建而成，里面有大量廢渣在燃燒。制劑廠職工說，焚燒爐里燒的是藥廠的垃圾，“藥廠車間的垃圾全往這兒倒，啥都有，鹽酸、硫酸，都是化工產品”。
然而，即便是簡單的焚燒，有時也是不分地點，隨意進行。部分廢渣經過簡單焚燒后會流入河流，還有大量的廢渣被直接傾倒在河溝邊上。
彭旭確認，哈藥集團的制劑廠存在固體垃圾隨意焚燒的問題。因為焚燒點距離哈藥總廠很近，對哈藥總廠周邊的環境的確造成了影響。