該項目類似于繪制出人類完整基因圖譜的人類基因計劃。

盡管如此，人腦活動圖項目仍遭到一些批評者們的反對。他們認為，政府不應該在單獨一個項目上投入重資，更何況該項目還缺乏明確目標。
 
美國《大西洋月刊》引用網民的話，對“人腦活動圖項目的目標是否能夠得以實現、該項目是否最大限度地利用了聯邦資源”表示質疑。
 
美國生物學家邁克爾·愛森說：“必須有人站出來給國會議員們解釋基礎研究的重要性，而不是迎合他們的口味提出耗資巨大的科學項目?！?br/>  
《大西洋月刊》稱，愛森曾參加“DNA元素百科全書”項目（簡稱ENCODE），并在此后一直反對“重大科研”項目。他在博客中寫道：“ENCODE給我的教訓是，這種大型項目并不是個好主意。大型生物項目并不利于以個人探索發現為動力的科學的發展?！?br/>  
（來源：中國日報網 信蓮 編輯：周鳳梅）