強調程序監督嚴防“做假賬”
資產處置及國資轉讓，是這次事業單位改制操作的難點之一。在多部委局聯合出臺的文件中，應當就事業單位改制中資產處置、國資定價轉讓、人員安置補償成本確定、歷史遺留問題解決費用列支等問題進行較為明確而具體的規定。
與政府會計標準缺失相對應，絕大多數事業單位財務管理水平低、財務管理制度不健全，由此導致的賬外資產、資產私人出租出借、土地房屋關聯交易、小金庫、庫存無明細賬等問題，極有可能成為事轉企改制中國資流失的渠道。
因此，在事業單位改制指導文件重點關注資產處置及國資轉讓問題的同時，要抓好改制程序及步驟的管理及監督。就程序及步驟而言，主管部門應關注三個環節：
一是改制起始日確定后的資產處置程序，包括對領導班子經濟責任審計、清產核資、財務審計、資產評估及備案等，程序不能少；二是職工參與及職代會就改制草案進行討論的程序也必須要有，事業單位改制必須讓職工充分參與，給職工知情權與發言權，鼓勵與支持職工就本單位事轉企改制中的嚴重問題進行舉報與監督；三是改制方案批準前的抽查及公示，事業單位所屬部委局及財政部門在批復改制方案前，應實行抽查監督，檢查改制程序及步驟是否符合政策規定，在抽查基礎上，再就改制方案進行公示。
與此同時，事業單位改制中的資產處置及國資轉讓過程中，必然涉及特殊費用列支、資產損失折價、資產增值溢價等問題，相應問題解決不能單純以事業單位領導班子決議的方式完成，應按政策文件的相應規定進行操作，其操作的過程應有相應的財務會計處理。
事業法人與企業法人的會計制度及方法存在差別，但無論有多大差別，在事業法人轉企業法人的改制過程中，必須保持財務會計的連續性。事業法人轉企業法人改制完成后，原事業法人的會計賬簿仍要封存，而且至少封存10年，用作改制后出現問題的會計賬簿備查。
必須通過事業單位改制文件的政策規定，消除事轉企改制中的做假賬現象。事業單位改制文件中要明確，事業單位改制前后做假賬，不僅要追究單位領導人的經濟責任，而且要追究單位領導人的刑事責任。